Để đảm bảo nhà máy vận hành tốt hơn, CTCP Nam Việt đại tu nhà máy chế biến thủy sản Nam Việt đồng thời mở rộng và hiện đại hóa nhà máy chế biến thủy sản Thái Bình Dương, thời gian thực hiện 60 ngày từ 10/11/2008 đến 12/01/2009. Hiện nay CTCP Nam Việt có các nhà máy đang hoạt động như sau: Nhà máy Ấn Độ Dương đang hoạt động với công suất 250 tấn cá nguyên liệu/ngày. Nhà máy Đại Tây Dương gia công cho CTCP Nam Việt với công suất 200 tấn cá nguyên liệu/ngày.
Hiện nay CTCP Nam Việt có các nhà máy đang hoạt động như sau: