Cảng Đồng Nai là doanh nghiệp Nhà nước chuyển sang hoạt động dưới hình thức công ty cổ phần từ ngày 4/1/2006. Theo quy định, Công ty được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 100% cho 2 năm đầu kể từ khi có thu nhập chịu thuế, và giảm 50% cho 3 năm tiếp theo. Thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp đang áp dụng đối với công ty là 20% trong 10 năm từ 2006 - 2015. Năm 2006, công ty trả cổ tức tỷ lệ 13% (1.300 đồng/cổ phiếu). Phần thuế thu nhập doanh nghiệp được miễn năm 2006 được bổ sung vào Quỹ đầu tư và phát triển của công ty.

Năm 2006 là năm thể hiện sự tăng trưởng vượt bậc về hiệu quả hoạt động sản xuất kinh doanh của Cảng Đồng Nai: Tổng tài sản đạt 80,8 tỷ đồng tăng 12,29% so với năm 2005, tổng sản lượng xếp dỡ đạt 1.814.396 tấn, tăng 43% so với năm 2005, doanh thu thuần đạt 33,35 tỷ đồng, giảm 15,73% so với năm 2005. Việc giảm này chủ yếu là do năm 2006 công ty đã cắt giảm các hoạt động thương mại (kinh doanh gỗ) không mang lại hiệu quả cao trong năm 2005.

Tuy nhiên, năm 2006, Công ty cũng gặp một số khó khăn như: giá nhiên liệu tăng làm tăng chi phí và giảm hiệu quả hoạt động kinh doanh, Công ty buộc phải cắt giảm một số hoạt động thương mại không mang lại hiệu quả cao trong năm 2005 làm cho doanh thu năm 2006 giảm đáng kể. Năm 2006, một số cầu cảng tải trọng lớn của Công ty tại 2 cảng Gò Dầu A và Gò Dầu B đang trong quá trình đầu tư xây dựng nên chưa mang lại hiệu quả.

Thời gian tới, Cảng Đồng Nai sẽ đầu tư mở rộng Cảng Long Bình Tân với diện tích là 4,8 ha để làm bãi container và xây dựng thêm một cầu cảng 5.000 DWT, đầu tư nâng cấp cầu cảng A1 tại Cảng Gò Dầu A từ 2.000 DWT lên 10.000 DWT, và đầu tư mở rộng thêm 2 ha bãi để chứa hàng hóa.Tiến hành khảo sát, thiết kế, nạo vét để đầu tư xây dựng thêm cầu cảng 15.000-20.000 DWT tại Cảng Gò Dầu B và đầu tư mở thêm 2 ha bãi để chứa hàng hóa và xây dựng kho ngoại quan.

Các kế hoạch đầu tư và phát triển hoạt động sản xuất kinh doanh trên đã được Hội đồng Quản trị Cảng Đồng Nai thông qua và dự kiến sẽ triển khai vào cuối quý 4/2007 và đầu quý 1/2008. Về nguồn vốn để tài trợ cho các dự án đầu tư trên, Hội đồng Quản trị đang dự kiến trình Đại hội đồng cổ đông thông qua việc phát hành thêm cổ phiếu lần 3 để huy động thêm vốn vào cuối năm 2007.

Theo thống kê của Cục Hàng hải Việt Nam, cả nước hiện có 24 địa phương có cảng biển với 126 bến cảng và 266 cầu cảng, tổng chiều dài cầu cảng đạt 35.439 m. Hiện nay, khoảng 90% khối lượng hàng hoá xuất nhập khẩu của Việt nam được vận chuyển bằng đường biển thông qua các cảng trong toàn quốc, do đó ngành vận tải biển đóng vai trò quan trọng trong quá trình phát triển kinh tế xã hội của đất nước.

Dự báo trong những năm tới, lượng hàng hoá xuất nhập khẩu của nước ta sẽ tăng với tốc độ cao, đặc biệt là lượng hàng hoá xuất nhập khẩu với các nước trong khu vực bởi thuế suất được cắt giảm mạnh theo lộ trình đã cam kết, bên cạnh đó việc gia nhập WTO của Việt Nam cũng là nhân tố thúc đẩy phát triển xuất nhập khẩu.

Dự báo mới nhất về hàng hoá thông qua hệ thống cảng biển Việt Nam năm 2010, là 265 triệu tấn/năm, năm 2020 là 480 triệu tấn/năm. Do đó, theo Cục Hàng hải Việt Nam, mục tiêu đến năm 2010 sẽ đầu tư tăng năng lực của hệ thống cảng biển Việt Nam lên gấp 2 lần so với hiện nay và gấp 4 lần vào năm 2020 mới có thể thoả mãn được yêu cầu hàng hoá thông qua.